С точки зрения закона оплата по счёту, выставленному в WhatsApp, никак не отличается от других видов платежа. Если в соответствии с 54-ФЗ вы должны формировать фискальные чеки и отправлять их покупателям, это распространяется и на платежи в WhatsApp.
Уже имеющуюся онлайн-кассу нужно будет связать с ЮKassa, а если ККТ нет, воспользуйтесь нашим решением «Облачная онлайн-касса под ключ». В этом случае после каждой операции через ЮKassa чеки будут автоматически отправляться в ОФД, а оттуда — в налоговую и покупателям.