Покупатель оплачивает товар через ЮKassa на 1000 рублей. ЮKassa берёт с меня комиссию 3,5% и переводит на следующий банковский день на мой расчётный счёт самозанятого 965 рублей. Из приложения "Мой налог" я смогу сформировать чек на 965 рублей. Как объяснить покупателю, почему чек не на 1000 рублей?

По нашему договору вы не должны перекладывать комиссию на пользователя. То есть если клиент оплачивает 1000 рублей то и чек надо сформировать на эту сумму. В соответствии с правилами 6.2.3. Поставщик не вправе взимать с Плательщиков вознаграждение или возлагать на них какие-либо дополнительные расходы в связи с осуществлением ими переводов через Оператора, если иное не будет согласовано с Оператором.