Нам необходимо реализовать авто от ООО физическому лицу, получить перевод с карты покупателя на расчётный счёт ООО и выдать чек. Это разовая операция. Подойдет ли ЮKassa для выполнения такого действия?

ЮKassa оказывает только услуги эквайринга (приём платежей). Для отправки чека после принятия платежа вам потребуется дополнительно подключать онлайн-кассу. Какие на данный момент мы поддерживаем решения вы можете посмотреть здесь.