Подключила эквайринг, физическая касса у меня есть. Подскажите, что нужно сделать, чтобы чеки отправлялись в ФНС?

Если у вас уже подключена ЮKassa, её нужно связать с имеющейся у вас ККТ. Схема настройки будет зависеть от модели имеющейся у вас онлайн-кассы. В случае, если у вас ККТ старого образца, не отправляющая чеки в соответствии с 54-ФЗ, вы можете воспользоваться решением от ЮKassa под ключ.