Что нужно сделать ИП, чтобы чеки отправлялись в ФНС?

Если уже подключена ЮKassa, её нужно связать с ККТ. Вот инструкция
Если в ККТ нет функции отправки чеков в соответствии с 54-ФЗ, нужно будет подключить такую, в которой эта функция есть.