Учитываются ли платежи, которые были возвращены клиентам при возврате товара, в обороте? Будет ли с них взиматься комиссия ЮKassa?

Комиссию мы берем только с успешного перевода. При возврате мы свою комиссию не возвращаем. Если у вас частые возвраты, вы можете проводить платежи с помощью нашего протокола API в две стадии с помощью холдирования. В течение заморозки (7 дней) вы можете отменить платёж, и комиссия не будет взиматься.