На сайте реализована частичная оплата внутренними бонусами. Как это учесть при формировании чека через API?

К сожалению, на данный момент такого функционала внутри ЮKassa нет. Вам нужно вначале вычитать оплату бонусами из суммы заказа внутри вашей CMS, а потом списывать с клиента оставшуюся сумму. В этой ситуации ваша онлайн-касса будет пробивать чек только на ту сумму, которую вы получили от клиента.